I resti archeologici di Ixtépete, un centro cerimoniale vicino alla città di Guadalajara nel comune di Zapopan e i recenti ritrovamenti di più di venti tombe a pozzo nella valle di Atemajac, ci permettono di dedurre che ci furono occupazioni importanti durante il periodo classico (200 BC-650 d.C.)
Poco prima della conquista, la Valle era abitata per la maggior parte da gruppi di Cocas e Tecuexes, riuniti in piccoli villaggi dipendenti dal dominio di Tonallan, che furono sottomessi senza molta resistenza da Nuño Beltrán de Guzmán nel 1530.
Alla fine dell'anno successivo, Guzmán intraprese la conquista verso nord, affidando a Juan de Oñate l'attraversamento della gola del fiume Santiago e per quanto possibile ma con prudenza, trovò una popolazione spagnola senza esporsi. Così il 5 gennaio 1532 nelle vicinanze di Nochistlán, nell'odierna Zacatecas, fu fondata Guadalajara.
Le condizioni avverse ai coloni causarono il trasferimento di questa città a Tonalá, ma il soggiorno fu di breve durata e subito dopo gli ispanici si stabilirono vicino a Tlacotan, dove rimasero fino al 1541. La ribellione dei caxcanes meglio conosciuta come la guerra di Mixtón, che Mise in serio pericolo il dominio spagnolo, raggiunse Guadalajara. Con la rivolta repressa "a fuoco e sangue" dal potente esercito guidato dal viceré Antonio de Mendoza, la città raggiunse la pace ma rimase senza manodopera indigena, così, alla ricerca di essa, decisero di spostare la popolazione, trovando adeguata la Valle de Atemajac, dove fu fatta l'ultima e definitiva fondazione il 14 febbraio 1542. In seguito, fu confermata la notizia che, quasi tre anni prima, il re le aveva concesso il rango e i privilegi della città.
Nel 1546 Papa Paolo III creò il Vescovado di Nueva Galicia e nel 1548 fu istituita l'omonima Audiencia; La sede di entrambe le giurisdizioni era, inizialmente a Compostela, Tepic, fino a quando nel 1560 fu ordinato il suo passaggio a Guadalajara, rendendolo così il capo giudiziario del vasto territorio allora chiamato Audiencia di Guadalajara, la capitale del Regno di Nueva Galizia e la sede del Vescovado. Poiché ogni città spagnola era disegnata come una scacchiera da quella che era la piazza San Fernando e anche come era consuetudine, i quartieri indigeni di Mexicaltzingo, Analco e Mezquitán furono lasciati fuori dal piano. Il processo di evangelizzazione è stato avviato dai francescani, seguito dagli agostiniani e dai gesuiti.
A poco a poco, con difficoltà e battute d'arresto ma anche con successi, Guadalajara crebbe e si affermò come centro economico e di potere, tanto che a metà del XVIII secolo un numero significativo di persone benestanti di Guadalajara voleva che Nueva Galicia con Nueva Vizcaya integrasse un vicereame totalmente straniero. alla Nuova Spagna, obiettivo non raggiunto perché erano alle porte le riforme politico-amministrative del 1786, che modificarono l'assetto territoriale, dividendo l'intero vicereame in 12 comuni, uno dei quali era Guadalajara.
Durante la colonia, soprattutto nel Settecento, il boom economico ha lasciato un'eredità architettonica, culturale e artistica di cui rimangono testimonianze in tutta la città.
Le arie indipendentiste che percorrevano tutto il territorio della Nuova Spagna penetrarono a Jalisco, tanto che quando scoppiò la Guerra d'Indipendenza in diverse parti del Comune ci furono rivolte.
Il 26 novembre 1810, Don Miguel Hidalgo, al comando di un grande esercito, entrò a Guadalajara e fu ricevuto da José Antonio Torres, che poco prima aveva preso la città. Hidalgo qui ha emesso un decreto che abolisce la schiavitù, la carta bollata e l'alcabala e ha sponsorizzato la stampa del quotidiano ribelle El Despertador Americano.
Il 17 gennaio 1811, gli insorti furono sconfitti sul ponte Calderón e le truppe realiste di Calleja recuperarono Guadalajara, assumendo il comando José de la Cruz, che con il vescovo Cabañas annientò ogni scoppio di ribellione.
Proclamata l'indipendenza nel 1821, fu eretto lo stato libero e sovrano di Jalisco, lasciando Guadalajara come capitale dello stato e sede dei poteri.
L'instabilità che ha prevalso per quasi tutto l'Ottocento nel paese, aggravata dalle invasioni straniere, ha reso difficile, ma non ha impedito allo Stato e in particolare nella sua capitale di proseguire lo sviluppo in vari ordini. Esempi tangibili sono: nel secondo quarto del secolo, la creazione dell'Istituto di Scienze di Stato; la costruzione della Scuola di Arti e Mestieri, l'Orto Botanico, il Penitenziario e il Pantheon di Betlemme, nonché l'apertura dei primi stabilimenti.
All'inizio degli anni ottanta apparvero i tram urbani a trazione animale, la luce elettrica fu installata nel 1884, nel 1888 arrivò la prima ferrovia in Messico e quella di Manzanillo nel 1909. Negli anni novanta, Don Mariano Bárcena fondò l'Osservatorio Astronomico e il Museo Industriale.
Durante la rivoluzione, a Guadalajara ci furono alcuni atti di ribellione contro la dittatura di Diaz, come scioperi dei lavoratori e proteste studentesche, e Madero fu persino accolto nel 1909 e nel 1910 con grandi espressioni di simpatia. Tuttavia, non ci furono eventi belligeranti delle conseguenze. La capitale Guadalajara subì invece una sorta di stagnazione che terminò nel 1930 con l'accordo sulla pace spezzata dalla guerra di Cristeros, dando inizio a un desiderio di modernizzazione che non è terminato.
Vedi anche Città coloniali: Guadalajara, Jalisco
