Partecipò alla congiura di Valladolid nel 1809 e si trasferì a Querétaro dove assistette alle riunioni del magistrato Miguel Domínguez e di sua moglie.
Nel settembre 1810, San Miguel comandava il reggimento dei Dragoni della regina. Lì viene informato che la cospirazione è stata tradita. Va da Dolores e informa Allende e Hidalgo dell'accaduto, quindi la rivolta è avanzata.
Cattura diversi personaggi realistici e viene incaricato di vegliare sui prigionieri spagnoli. Partecipa alla battaglia del Monte de las Cruces. Marzo a Guanajuato e Zacatecas con Allende.
Fu fatto prigioniero ad Acatita de Baján e fucilato a Chihuahua nel giugno 1811. La sua testa fu esposta nella Alhóndiga de Granaditas fino al 1821. Due anni dopo viene dichiarato eroe nazionale.
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