La storia della città che inizialmente fu chiamata Regno della Nuova Galizia continua.
C'è anche l'antico collegio gesuita di Santo Tomás de Aquino, costruito nell'ultimo decennio del XVI secolo e che nel 1792 fu occupato dall'Università. Della costruzione rimangono solo quella che era la chiesa, con la sua monumentale cupola del secolo scorso, e l'annessa cappella di Loreto, costruita nel 1695 da Juan María de Salvatierra. Il tempio di San Juan de Dios, che un tempo era la Cappella di Santa Veracruz, costruita nel XVI secolo da Don Pedro Gómez Maraver, fu costruito nel XVIII secolo con una facciata barocca dalle caratteristiche sobrie. La chiesa di La Merced, con uno stile barocco simile a quello di San Juan de Dios, anche se più ornata, fu fondata nel XVII secolo dai frati Miguel Telmo e Miguel de Albuquerque.
Il Tempio di La Soledad fu costruito verso la fine del XVII secolo e l'inizio del XVIII secolo su richiesta di Juana Romana de Torres e di suo marito, il capitano Juan Bautista Panduro. Nel luogo c'era la confraternita di Nostra Signora della Solitudine e il Santo Sepolcro, che occupava una cappella dedicata a San Francisco Xavier. Il tempio e la scuola di San Diego, opera del secolo XVII; la prima con un portale molto sobrio che sembra già appartenere allo stile neoclassico e la seconda con un bel porticato che adorna l'antico chiostro.
La chiesa di Jesús María, annessa all'omonimo convento, fu fondata nel 1722; conserva ancora le sue facciate barocche, sulle quali si possono vedere grandi sculture che rappresentano la Sagrada Familia, la Virgen de la Luz, San Francisco e Santo Domingo.
Infine, è importante sottolineare altre tre costruzioni religiose che sono emerse come i migliori esempi, ognuna nel suo genere, dello sviluppo dell'architettura coloniale a Guadalajara, principalmente tra il XVII e il XVIII secolo. Così abbiamo la cappella Aránzazu, della metà del XVIII secolo, con il suo curioso campanile e il suo interno decorato con magnifici dipinti e pale d'altare churrigueresco dello stesso periodo e considerato il migliore della città. Il convento e la chiesa di Santa Mónica, fondata da padre Feliciano Pimentel nella prima metà del XVIII secolo; il suo tempio presenta una doppia facciata con ricchi ornamenti catalogati come il miglior esempio dell'esuberante stile barocco salomonico. Il tempio di San Felipe Neri, costruito nel 1766 dall'architetto Pedro Ciprés, forma un insieme di straordinaria sobrietà che incorpora nella sua decorazione elementi con reminiscenze plateresche, aspetto che colloca il tempio come il miglior edificio religioso di Guadalajara.
Nelle costruzioni che corrispondono all'architettura civile sono presenti alcuni edifici mirabili, tra i quali possiamo citare il Palazzo del Governo, antiche case reali che furono modificate nel XVIII secolo su progetto dell'ingegnere militare Juan Francisco Espino, sebbene la facciata fosse opera di Miguel José Conique. L'edificio è stato concepito essenzialmente in stile barocco, ma in esso si notano già alcune tendenze neoclassiche. Gli uffici reali, che erano nel Palacio de Medrano scomparso, e le aule di tribunale funzionavano nei locali.
Abbiamo anche quello che era il Seminario Conciliare dedicato a San José, inaugurato dal Vescovo Galindo y Chávez nel 1701, oggi occupato dal Museo Regionale di Guadalajara, con il suo chiostro principale di colonne in stile toscano e le sue porte barocche. Il famoso Hospicio Cabañas costruito all'inizio del XIX secolo, su progetto dell'illustre architetto Manuel Tolsá, che dirige l'opera José Gutiérrez e completato anni dopo dall'architetto Gómez Ibarra, e che costituisce un notevole esempio di stile neoclassico.
Tra le altre costruzioni minori che hanno fornito unità stilistica alla città di Guadalajara, possiamo citare, anche se non tutte sono conservate: la maestosa dimora del XVI secolo che sorgeva di fronte a quella che un tempo era la piazza San Sebastián nel quartiere di Analco. La casa in Calle de la Alhóndiga n. 114, attualmente Pino Suárez. Le residenze appartenute alla famiglia Sánchez Leñero al n. 37 e quella del signor Dionisio Rodríguez al n. 133 di Calle de Alcalde. La casa Calderón, un tradizionale negozio di dolciumi coloniale fondato nel 1729 e situato all'angolo delle vecchie strade di Santa Teresa e Santuario, oggi Morelos e Pedro Loza; quella di Francisco Velarde, in stile neoclassico, e infine quella che era la villa Cañedo, situata di fronte al retro della Cattedrale.
Nelle vicinanze di Guadalajara, la terza città più grande del paese, si trova il centro storico di San Juan Bautista Melzquititlán, oggi San Juan de los Lagos. Questa città è diventata un importante centro religioso grazie alla grande tradizione miracolosa dell'immagine della Vergine Maria che conserva la sua basilica, costruita a metà del XVII secolo da Don Juan Rodríguez Estrada. Nella stessa città si possono vedere altre costruzioni come il Tempio del Terzo Ordine, la Cappella del Calvario, la Cappella del Primo Miracolo, risalenti al XVII e XVIII secolo. Ci sono anche importanti edifici civili nella popolazione, come il Palazzo del Collegio e l'edificio delle Decime, tra gli altri.
Nella città di Lagos de Moreno si può vedere la sua parrocchia principale, un'opera del XVII secolo con una bella facciata in stile churrigueresco.
Infine, a San Pedro Tlaquepaque ci sono alcuni esempi di architettura religiosa barocca nella regione, come la parrocchia di San Pedro e il Tempio di Soledad.
