Il Colegio de San Juan de Letrán iniziò chiamandosi "Colegio para mestizos" e fu creato nel 1548, su iniziativa degli spagnoli peninsulari che videro aumentare il numero di meticci nati nella Nuova Spagna che richiedevano istruzione.
Il Colegio de San Juan de Letrán iniziò chiamandosi "Colegio para mestizos" e fu creato nel 1548, su iniziativa degli spagnoli peninsulari che videro un aumento del numero di meticci nati in Nuova Spagna che richiedevano istruzione.
Per fondare questa istituzione non chiesero il permesso del viceré Antonio de Mendoza, ma mandarono invece un rappresentante in Spagna per ottenere l'autorizzazione del re, e per detta missione fu nominato don Gregorio de la Pesquera. Questo responsabile ottenne il certificato reale di autorizzazione rilasciato il 18 agosto 1548. All'inizio, il Collegio ottenne un gioco di 600mila pesos da attività minerarie, contributi privati ed elemosina.
Era guidato da tre sacerdoti: un rettore e due consiglieri, il rettore poteva durare un anno nella sua carica e poi gli altri due potevano occupare la canonica. È stata insegnata la lettura, la dottrina cristiana, e poi gli studenti più avanzati sono stati incoraggiati ad andare all'università.
La scuola decadde alla fine del XVIII secolo, sopravvisse fino all'Indipendenza e nel 1821 ricevette un grande impulso ma scomparve definitivamente nel 1857. Si trovava sulla vecchia Calle de San Juan de Letrán tra l'attuale Calle Venustiano Carranza e Madero sul marciapiede che si affacciava a est di fronte al convento di San Francisco che occupava l'intera strada.
