La conquista di Oaxaca fu relativamente pacifica, poiché i signori zapoteca e mixtechi pensavano di trovare negli europei gli alleati di cui avevano bisogno per sconfiggere gli aztechi.
D'altra parte, altri gruppi come gli zapotechi della Sierra, i Chontales e soprattutto i Mixes resistettero e portarono avanti un seguito di ribellioni. Al loro trionfo e ancora nel XVI secolo, gli spagnoli spogliarono i nativi delle loro terre, legalizzando questa azione attraverso encomiendas, mercedes e divisioni concesse dal re, delineando così, dall'inizio della conquista spagnola, lo squilibrio e il disuguaglianza che prevarrebbe tra la società spagnola e quella autoctona.
Gli abusi dei colonizzatori furono così abbondanti che una buona parte del lavoro svolto dalle due Audiencia e dal viceré Antonio de Mendoza mirava a limitare il potere del marchese di Valle de Oaxaca, Hernán Cortés, e quello degli encomenderos. Proponevano così di rafforzare l'autorità reale ed è per questo che furono promulgate le Nuove Leggi (1542) e fu creata un'amministrazione complessa. Il compito dell'evangelizzazione nell'area mixteca e zapoteca fu opera dell'ordine domenicano che costruì, con lavori fondamentalmente indigeni, sontuose chiese e conventi nei luoghi in cui erano concentrati i grandi centri abitati, come le città di Antequera, Yanhuitián e Cuilapan. .
La conquista spirituale è stata più radicale e violenta della conquista militare. Per mantenere il controllo della popolazione, i conquistatori mantennero, con modifiche, alcune strutture indigene in modo tale che alcuni dei capi della Valle di Oaxaca e della Mixteca Alta riuscirono a preservare antichi privilegi e proprietà; Invece, per convertire i popoli d'America al cristianesimo, i missionari cercarono di distruggere ogni traccia della religione del mondo preispanico.
Nonostante il declino demografico della popolazione autoctona, causato da epidemie e maltrattamenti, il XVI secolo fu un anno di crescita economica grazie all'introduzione di nuove tecniche, colture e specie. Nella Mixteca, ad esempio, si ottennero buoni profitti dallo sfruttamento dei bachi da seta, del bestiame e del grano. Lo sviluppo del mercato urbano e delle miniere ha contribuito a questa crescita.
Tuttavia, questa prosperità è stata interrotta dai problemi che l'estrazione ha dovuto affrontare dal 1590. Il commercio tra Siviglia e l'America è diminuito e il calo della popolazione ha fatto diminuire il consumo delle città e la forza lavoro è stata ridotta alla sua minima espressione.
Nel diciassettesimo secolo, quello della depressione economica fu quando furono definite le strutture coloniali, si consolidò lo schema di dominio e si stabilirono i meccanismi di un'economia dipendente. L'applicazione di uno schema commerciale monopolistico e centralizzato ha ostacolato lo sviluppo economico regionale, facendo sì che aree ricche come la Valle di Oaxaca orientassero la loro economia verso l'autosufficienza nonostante l'importanza della produzione e del commercio di cacao, indaco e cocciniglia. .
Già nella seconda metà del XVII secolo l'economia della Nuova Spagna iniziò a migliorare: la produzione mineraria ebbe un rimbalzo, tornò il commercio con l'America Centrale e il Perù e la popolazione indigena iniziò a riprendersi. A questo punto, gli spagnoli che vivevano nella Mixteca e nella valle di Oaxaca si dedicavano all'allevamento di bestiame in grandi proporzioni e le haciendas combinavano con successo la produzione di grano e mais con l'allevamento di bestiame. L'economia coloniale fu ristrutturata tra il 1660 e il 1692, ponendo le basi per il secolo dei Lumi.
La Nuova Spagna cresce e prospera nell'Età dell'Illuminismo. Il territorio raddoppia, la popolazione triplica e il valore della produzione economica è sesto. Il miglior esempio di questi progressi si osserva nel settore minerario, un asse economico centrale che, pur essendo ancora schiavo, è passato da 3.300.000 pesos nel 1670 a 27.000.000 nel 1804.
L'opulenza della Nuova Spagna si manifesta nell'intensa attività edilizia e trabocca nella magnificenza del Barocco, fu allora che ad Antequera costruirono, tra l'altro, la Cappella del Rosario della Chiesa di Santo Domingo, la Chiesa del Soledad, San Agustín e Consolación.
Il XVIII secolo fu il secolo della modernizzazione delle riforme politiche ed economiche intraprese dai re Borbone.
Nel 1800 il Messico era diventato un Paese di straordinaria ricchezza ma anche estrema povertà, la maggioranza della popolazione era attaccata alle haciendas e ai comuni, veniva maltrattata nei luoghi di lavoro, ridotta in schiavitù nelle miniere e nei mulini, senza libertà, senza soldi. e senza possibilità di migliorare.
Gli spagnoli peninsulari monopolizzavano il potere politico ed economico; Tali condizioni di disuguaglianza sociale, economica e politica hanno accumulato tensioni e malcontento. D'altra parte, l'impatto di eventi come la Rivoluzione francese, l'indipendenza degli Stati Uniti e la Rivoluzione industriale inglese scuote le coscienze americane e l'idea dell'indipendenza della Nuova Spagna inizia a prendere forma nei creoli.
