I religiosi che entrarono nei territori spopolati del nord della Nuova Spagna ebbero l'idea di convertire le nazioni "barbare" al cristianesimo e di integrarle così anche nella vita politica, per fondare poi scuole e città nei villaggi da loro precedentemente costituiti.
Per raggiungere questi obiettivi, i genitori, sempre accompagnati da gruppi armati, si sono avvicinati ai Gentili e hanno offerto loro protezione dalla Chiesa e dalla Corona spagnola in cambio di un'educazione cristiana. Gli indiani che hanno accettato, si sono riuniti per costruire una missione, diventando un rifugio per gli indiani e un luogo dove apprendere le tecniche agricole europee e altri mestieri.
Una volta completata la pacificazione, la missione divenne una neonata città con una chiesa, mentre i missionari si trasferirono altrove per riprendere il loro lavoro di evangelizzazione. Questo sistema era rischioso, perché gli indiani del nord hanno certamente opposto una certa resistenza, poiché erano più ostili di quelli del centro, e sono fuggiti verso le montagne.
La conversione ha funzionato sulla base dell'assegnazione di terre e protezione per gli indiani in cambio di obbedienza. Coloro che si opposero furono puniti, mentre coloro che organizzarono ribellioni furono giustiziati.
Una volta riunita la tribù indigena, è stato integrato un nucleo principale o capo, che era composto da diverse città e ranch che erano soggetti ad esso. I missionari risiedevano alle sorgenti e si occupavano di almeno due villaggi in visita. Tre o più missionari dipendevano da un rettore e da un visitatore locale. Questi stabilimenti insieme formavano una provincia.
Per prima cosa fu eretta una chiesa di pietra e intorno ad essa, con adobe, furono costruite le case per i frati che avrebbero evangelizzato, il sole, i dadi e le famiglie indigene, e in generale una scuola. Negli stabilimenti c'era quella che potremmo chiamare una struttura economica primitiva. Avevano aree per la coltivazione, la semina, l'apertura di strade e canali di irrigazione; allevamento di bestiame, ortaggi e attività artigianale. Nelle scuole si insegnava il catechismo, la lettura, la scrittura e la musica.
Con il passare del tempo, alcune missioni furono completamente abbandonate a causa di vari eventi, come l'espulsione dei gesuiti nel 1767, la diffusione di malattie portate dagli spagnoli, gli attacchi degli indiani “barbari”, le condizioni meteorologiche, le lunghe distanze e i pochi soldi per mantenerli. Alcuni sono conservati oggi come chiese e altri ora costituiscono popolazioni di grande importanza. Tuttavia, di alcune missioni è noto solo il sito della loro posizione iniziale e di altre rimangono solo rovine.
I gesuiti stabilirono missioni in Baja California Norte e Sur, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit settentrionale, parte di Durango e Coahuila. Dopo la loro partenza, i domenicani si stabilirono nel nord della Bassa California, mentre i francescani evangelizzarono Tamaulipas e Nuevo León e sostituirono i missionari dell'Ordine di Loyola nella parte meridionale della Bassa California, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit, Durango e Coahuila. Nel centro-nord, dopo la ribellione degli Zacateco - che ha impedito il proseguimento delle missioni francescane -, gli indigeni si sono organizzati in conventi.
Nel 1563 il Capitano Francisco de Ibarra visitò il territorio che comprende l'attuale stato di Sinaloa e fondò alcune città. Tuttavia, questi durarono poco e fu solo nel 1591 che per ordine del governatore di Nueva Vizcaya, i padri gesuiti Gonzalo de Tapia e Martín Pérez furono incaricati di evangelizzare la regione.
I religiosi attraversarono la Sierra Madre Occidentale nel maggio dello stesso anno, entrando da Acaponeta, Nayarit, e passando per Culiacán arrivarono al sito, dove il 6 giugno 1591 fondarono il loro primo edificio: San Felipe de Sinaloa.
