Non sapendo quanto si estendesse il nord del paese, i gesuiti arrivarono a Chihuahua. Nel diciassettesimo secolo, lo stato attuale era costituito nella sua parte sud-occidentale da quella che era conosciuta come la regione di Chínipas, mentre il resto del territorio era diviso tra Tarahumara superiore e inferiore.
I primi tentativi di evangelizzare Chihuahua provenivano dai viaggi compiuti dai gesuiti, precedentemente stanziati nello stato di Sinaloa. Il primo ad essere costruito nella regione fu quello eretto da padre Juan Castini nel 1621 e noto come la missione di Chínipas.
I gesuiti lavoravano sulle montagne tra gli indiani Tepehuanes, Guazapara e Tarahumara, mentre i francescani lavoravano nelle valli e nelle pianure. Il primo missionario stabile nella regione di Chínipas fu il gesuita padre Julio Pascual, martirizzato nel 1632 insieme a padre Manuel Martínez. Nel 1680, Fray Juan María Salvatierra diede un forte impulso alla missione che si consolidò negli anni 1690 e 1730. A metà del XVII secolo le missioni gesuite della regione di Chínipas divennero una delle meglio organizzate e avanzate.
A sud si trovava Nabogame dove si possono ancora vedere la chiesa, il curato e la casa di missione costruita da padre Miguel Wiytz nel 1744. Baborigame Satevo si trova nella stessa area, che ha acquistato nuovo vigore con l'amministrazione di padre Luis Martín. e Tubares, fondata nel 1699 da padre Manuel Ordaz e ripresa dall'amministrazione dello storico Félix Sebastián. Quest'ultimo era considerato uno dei più ricchi in chiesa, casa, bestiame e ranch. Al centro ci sono le missioni di Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana e al nord Babarocos e Moris.
L'area di Tarahumara Baja fu evangelizzata per la prima volta da padre Juan Fonte, che fece il suo primo ingresso nel 1608. Nel 1639, padre Jerónimo Figueroa costruì la missione di San Pablo Balleza e quella di Huejotitán (San Jerónimo), mentre allo stesso tempo padre José Pascual costruiva San Felipe. Nella stessa regione di Tarahumara si trovano anche La joya, Santa María de las Cuevas e San Javier Savetó, quest'ultima missione costruita nel 1640 da padre Virgilio Máez.
Per quanto riguarda il territorio della Tarahumara Alta, che comprendeva il centro e il nord di questa entità, l'opera di evangelizzazione è iniziata dai Padri Tardá, Guadalajara, Celada, Tarkay e Neuman. Le missioni incluse in questa regione erano: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí o Temeichi, Coyachi o Coyachic, Tomochi o Tomochic, Tutuaca o Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi e Tesomachi. A metà del diciassettesimo secolo, la missione dei gesuiti di Chihuahua divenne la meglio organizzata e amministrata, ad eccezione di quelle in California.
Nel territorio di Chihuahua c'era anche l'opera missionaria dei francescani. L'obiettivo dei religiosi era quello di completare il collegamento che già esisteva nel nord di Zacatecas, per il quale fondarono conventi a Chihuahua e Durango. I conventi, come i gesuiti, dovevano raggiungere l'obiettivo di evangelizzare gli infedeli. Gli edifici realizzati furono quello di Nuestra Señora del Norte, che ora è Ciudad Juárez, San Buenaventura de Atotonilco (Villa López), Santiago Babonoyaba, Parral, Santa Isabel de Tarahumara, San Pedro de los Conchos, Bachiniva o Bacínava (Nuestra Señora de Natividad ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua e Casas Grandes.
