Hidalgo partì per Aguascalientes e si diresse verso Zacatecas. Da Zacatecas, Hidalgo ha attraversato il Salinas, il Venado, il Charcas, il Matehuala e il Saltillo.
Qui è stato stabilito che i principali leader, con le migliori truppe e il denaro, partissero per gli Stati Uniti. Una volta in viaggio, sono stati fatti prigionieri dai realisti il 21 marzo a Norias del Baján o Acatita del Baján. Hidalgo è stato portato a Monclova, da lì è partito il 26 marzo attraverso Alamo e Mapimí e il 23 è entrato a Chihuahua. Quindi si è formato il processo e il 7 maggio è stata presa la prima dichiarazione. La natura ecclesiastica di Hidalgo fece ritardare il suo processo più di quello dei suoi compagni.La sentenza di retrocessione fu pronunciata il 27 luglio e il 29 luglio fu giustiziato al Royal Hospital dove era imprigionato Hidalgo. Il Consiglio di Guerra ha condannato il prigioniero ad essere messo alle armi, non in un luogo pubblico come i suoi compagni, e sparandogli al petto e non alla schiena, preservandogli così la testa. Hidalgo ascoltò la frase con calma e si preparò a morire.
Il suo ultimo giorno è stato così descritto: “Tornato nella sua prigione, gli è stata servita una colazione al cioccolato e, dopo averla presa, ha pregato che al posto dell'acqua gli fosse servito un bicchiere di latte, che ha concluso con una straordinaria dimostrazione di appetito e piacere. Un attimo dopo gli fu detto che era giunto il momento di andare alla tortura; Lo udì senza alterazioni, si alzò in piedi e dichiarò di essere pronto a partire. In effetti, uscì dall'orribile cubo in cui si trovava e, essendosi avanzato a quindici o venti passi da esso, si fermò un momento, perché l'ufficiale di guardia gli aveva chiesto se gli fosse stato offerto qualcosa da smaltire per ultimo; A questo rispose di sì, che voleva che gli portassero dei dolci che aveva lasciato sui cuscini: li portarono infatti, e dopo averli distribuiti tra gli stessi soldati che avrebbero dovuto dargli fuoco e che marciavano dietro di lui, li incoraggiò e confortò con il suo perdono e le sue parole più dolci per fare il loro lavoro; E siccome sapeva benissimo che gli era stato ordinato di non sparare alla testa, e temeva che avrebbe sofferto molto, perché era ancora il crepuscolo e gli oggetti non si vedevano chiaramente, ha concluso dicendo: “La mano destra che metterò sul petto sarà , figli miei, il bersaglio sicuro verso cui dovete andare ”.
“Il banco del supplizio era stato posto lì in un recinto interno della scuola di riferimento, a differenza di quanto fatto con gli altri eroi, che furono giustiziati nella piazzetta dietro a detto edificio, e dove si trova oggi il monumento. che ci ricorda lui e il nuovo centro commerciale che portava il suo nome; e quando l'Hidalgo seppe del luogo al quale era indirizzato, marciò con passo fermo e sereno, e senza farsi bendare gli occhi, recitando con voce forte e fervente il salmo Miserere me; Arrivò al patibolo, lo baciò con rassegnazione e rispetto, e nonostante qualche alterco che non lo fece sedere con la schiena girata, si sedette di fronte, si mise una mano sul cuore, ricordò ai soldati che quello era il punto dove avrebbero dovuto sparargli, e un attimo dopo esplose la scarica di cinque fucili, uno dei quali trafisse efficacemente la mano destra senza ferire il cuore. L'eroe, quasi impassibile, sforzò la sua preghiera, e le loro voci furono messe a tacere quando altre cinque canne di fucile furono fatte esplodere di nuovo, i cui proiettili, passando il corpo, ruppero i legami che lo legavano alla panchina, e l'uomo cadde in un lago di sangue, non era ancora morto; sono stati necessari altri tre colpi per concludere quella preziosa esistenza, che aveva rispettato la morte per più di 50 anni ".
Il sole era appena nato quando si era già posto alla vista del pubblico, su una sedia e ad un'altezza considerevole, e precisamente all'esterno della sua. La sua testa, insieme a quelle di Allende, Aldama e Jiménez, sono state collocate in gabbie di ferro agli angoli della Alhóndiga de Granaditas a Guanajuato. Il corpo fu sepolto nel terzo ordine di San Francisco de Chihuahua, e nel 1824 il tronco e la testa furono portati in Messico, per essere sepolti con grande solennità.
