La costruzione del convento di Santo Domingo iniziò nel 1551, anno in cui il Comune di Oaxaca concesse ai frati domenicani il sito per costruirlo entro un periodo non inferiore a 20 anni.
Nel 1572, non solo il convento non era stato completato, ma i lavori erano in ritardo. Il Comune e l'ordine domenicano hanno raggiunto un accordo per prolungare il termine di ulteriori 30 anni in cambio dell'aiuto dei frati nei lavori di condotta dell'acqua per la città.In questi tre decenni i lavori hanno avuto alti e bassi per mancanza di risorse e Nel 1608, il nuovo edificio ancora incompiuto, i Domenicani dovettero trasferirvi perché il convento di San Pablo, dove avevano vissuto durante la costruzione del nuovo tempio, era stato rovinato dai terremoti del 1603 e del 1604. Secondo Fray Antonio de Burgoa, cronista dell'ordine, gli architetti del convento furono Fray Francisco Torantos, Fray Antonio de Barbosa, Fray Agustín de Salazar, Diego López, Juan Rogel e Fray Hernando Cabareos. Nel 1666 i lavori del convento furono terminati, iniziando altri come la Cappella del Rosario che fu inaugurata nel 1731. Così, per tutto il XVIII secolo, Santo Domingo crebbe e si arricchì di innumerevoli opere d'arte, fino a diventare la magna opera rappresentativa dei tre secoli del vicereame a Oaxaca.
La sua distruzione iniziò con il 19 ° secolo. Dal 1812 fu successivamente occupata da truppe provenienti dalle varie parti in conflitto, derivate dalle guerre che si verificarono dall'Indipendenza al Porfiriato. Nel 1869, con la demolizione delle quattordici pale d'altare, autorizzata dal generale Félix Díaz, scomparve una moltitudine di opere d'arte, preziosi dipinti, sculture e oggetti d'argento scolpiti.
Vent'anni dopo, l'arcivescovo di Oaxaca, il dottor Eulogio Gillow, fece rappresentazioni al governo di Porfirio Díaz per recuperare il tempio, iniziando il suo restauro con l'aiuto dell'illustre don Andrés Portillo e del dottor Ángel Vasconcelos.
I Domenicani tornarono fino al 1939. Ormai l'uso come caserma ne aveva intaccato la struttura e modificato l'organizzazione degli spazi interni, inoltre, gran parte dell'ornamento pittorico e scultoreo del chiostro originario era andato perduto. Tuttavia, l'occupazione militare, durata 182 anni, impedì la vendita e la divisione del convento durante la guerra della Riforma.
Il tempio tornò alla sua destinazione originaria alla fine dell'Ottocento e nel 1939 i Domenicani recuperarono parte del convento. Nel 1962 furono eseguiti i lavori di trasformazione dell'area intorno al chiostro principale in museo, i lavori si conclusero nel 1974 con il recupero dell'intera area del vecchio atrio.
L'esplorazione archeologica ha permesso di determinare con certezza come sono state risolte le coperture del monumento; specificare i livelli di. i pavimenti durante le occupazioni successive; conoscere gli elementi architettonici autentici e costruire un'importante collezione di ceramiche realizzate tra il XVI e il XIX secolo. Nel restauro si è deciso di utilizzare i sistemi costruttivi originali e sono stati incorporati un gran numero di maestranze dello Stato stesso. In questo modo furono salvati mestieri che erano stati dimenticati, come la forgiatura del ferro, la carpenteria di legno duro, la produzione di mattoni e altre attività che gli artigiani di Oaxaca svolgevano magistralmente.
È stato adottato il criterio del massimo rispetto dell'opera realizzata: nessun muro o elemento architettonico originario sarebbe toccato e il progetto sarebbe stato modificato per adeguarlo sempre ai rilievi presentati. In questo modo sono stati ritrovati diversi originali che erano stati coperti e le pareti scomparse sono state sostituite.
Il complesso, che ha recuperato gran parte del suo antico splendore, è realizzato con muri in muratura di pietra ricoperti da conci di cava verde. Solo al secondo piano ci sono dei muri in mattoni. I tetti originari che si conservano e quelli che sono stati sostituiti sono tutti volte in mattoni di vario tipo: ci sono volte a botte con arco semicircolare; altri la cui linea guida è un arco con tre centri; troviamo anche volte sferiche ed ellittiche; volte a crociera all'incrocio di due volte a botte e, eccezionalmente, volte a vela in pietra. Il restauro ha rivelato che un tempo le volte mancanti erano state distrutte e in pochi casi erano state sostituite da travi in legno. Ciò è stato verificato durante la realizzazione delle calette che mostravano le cicatrici poste alla sommità delle mura da cui partivano le volte originali.
Inoltre, è stata condotta un'indagine storica documentaria e si è scoperto che il cronista dell'ordine domenicano, Fray Francisco de Burgoa, descrivendo il convento nel 1676, in seguito notò: "È la camera da letto dopo la chiusura incomunicabile, di una volta a botte, e da un lato, e dall'altro, con altre file di celle, e ciascuna è una nicchia a volta con una capacità di otto aste in proporzione; e ciascuno con le stesse finestre a grata, ad est e ad ovest gli altri.
Kubler menziona, nella sua Storia dell'architettura del XVI secolo, quanto segue: "Quando i domenicani di Oaxaca occuparono il loro nuovo edificio nel XVII secolo, le stanze a volta avevano ancora il legno dei falsi, forse a causa del lungo tempo impostare la malta. "
Per quanto riguarda il giardino conventuale, è stato proposto di restaurarlo come un giardino etnobotanico storico, con un campione della biodiversità di Oaxaca, e di ripristinare il giardino di piante medicinali che esisteva nel convento. L'esplorazione archeologica ha dato risultati notevoli, sin dagli antichi scarichi, parti del. sistema di irrigazione basato su canali, strade e alcune dipendenze, come le lavanderie.
I visitatori della città di Oaxaca hanno ora l'opportunità di includere nel loro itinerario una visita al monumento storico più rilevante dello stato.
