Costruita sulle pendici delle colline, la struttura urbana di questa città ha dovuto adattarsi agli aspetti topografici del terreno, pur cercando di rispettare una forma reticolare a scacchiera.
Questo aspetto alla lunga gli ha permesso di crescere in modo misurato e armonioso, che nei secoli ha conservato il suo carattere originario. La sua fondazione nacque dalla necessità di proteggere e salvaguardare i viaggiatori che transitavano tra Zacatecas e la capitale dell'allora regno della Nuova Spagna, trasportando principalmente minerali e che erano assediati dai nomadi indigeni della nazione Chichimeca. Intorno al 1542, Fray Juan de San Miguel stabilì nelle vicinanze dell'attuale città una città con il nome di Itzcuinapan, dedicando l'Arcangelo San Miguel come santo patrono. Quella popolazione primitiva aveva gravi problemi con l'approvvigionamento idrico, oltre ai continui e violenti attacchi degli indigeni Chichimecas delle regioni circostanti. Per questo motivo, gli abitanti della Villa de San Miguel spostarono l'insediamento di pochi chilometri a nord-est; quello era il luogo dove nel 1555, su richiesta del viceré Don Luis de Velasco, sarebbe stata fondata la Villa de San Miguel el Grande da Don Ángel de Villafañe. Il viceré richiese anche che vi si stabilissero i vicini spagnoli, a cui sarebbero stati concessi terreni e bestiame, mentre gli indigeni che vi abitavano sarebbero stati perdonati il tributo e sarebbero stati governati dai propri capi per evitare future ribellioni.
L'8 marzo 1826 il Congresso di Stato ne fece una città e ne cambiò il nome, che d'ora in poi sarebbe stato San Miguel de Allende, in onore del famoso ribelle che vi nacque nel 1779.
All'interno di questa affascinante immagine coloniale, sono ospitati diversi palazzi dell'epoca davvero notevoli. Tra i più notevoli c'è il Palazzo Municipale, già municipio costruito nel 1736. La casa natale di Ignacio Allende, un esempio dell'architettura barocca della città, soprattutto sulla sua facciata, e che attualmente è il Museo Regionale. La Casa del Mayorazgo de la Canal, con una bella facciata neoclassica, fu completata verso la fine del XVIII secolo da José Mariano de la Canal y Hervas, assessore, decano e guardiamarina reale. L'antica casa padronale di Don Manuel T. de la Canal, una costruzione del 1735 che fu ristrutturata secondo un progetto dell'illustre architetto spagnolo Don Manuel Tolsá nel 1809; l'edificio ospita attualmente l'Istituto Allende e mette in risalto l'ampiezza dei suoi cortili interni, una bella cappella e le sue straordinarie arcate. La Casa dell'Inquisitore, che fungeva da residenza del commissario del Sant'Uffizio e risale al 1780. La Casa del Marchese de Jaral de Berrio, costruita alla fine del XVIII secolo, e quella dei Conti di Loja con la sua elegante facciata.
Per quanto riguarda l'architettura religiosa, la città vanta anche tesori architettonici di straordinario valore, come la chiesa e il convento di Santo Domingo, un sobrio edificio del 1737. Il convento Leal de la Concepción, che attualmente è il Centro Culturale, È un edificio notevole per il suo enorme patio; Fu costruito nel XVIII secolo dall'architetto Francisco Martínez Gudlño.
La cappella di Santa Cruz del Chorro, una delle più antiche; il tempio del Terz'Ordine, risalente all'inizio del XVII secolo. Il bellissimo complesso del tempio e dell'oratorio di San Felipe Neri, dei primi del Settecento; la chiesa presenta un'esuberante facciata barocca realizzata in cava rosa e con una decorazione di forte influenza autoctona. Il suo interno presenta una variegata e ricca decorazione tra mobili, sculture e dipinti degni di ammirazione, oltre alla splendida cappella della Santa Casa de Loreto e il suo Camarín de la Virgen, entrambi squisitamente decorati e dovuti alla devozione del marchese Manuel Tomás de la Canal. Vicino all'oratorio si trova il tempio della Madonna della Salute, costruito nel XVIII secolo con la facciata incassata coronata da una grande conchiglia.
Tra i più belli della città c'è anche il tempio di San Francisco, del XVIII secolo, con la sua bella facciata churrigueresca, e la famosa parrocchia è quasi un simbolo di San Miguel de Allende; Sebbene la sua costruzione in stile neogotico sia più recente, è stata edificata sulla struttura dell'antico tempio seicentesco, rispettandone in pieno l'interno e la pianta originaria.
Vicinissimo alla città si trova il Santuario di Atotonilco, una costruzione duecentesca di sobrie proporzioni che sembra una fortezza e al cui interno sono conservati pregevoli dipinti dello stesso secolo.
