Hidalgo è partito per Aguascalientes e ha preso il corso per Zacatecas. Qui è stato stabilito che i principali leader, con le migliori truppe e il denaro, partissero per gli Stati Uniti.
Una volta in viaggio, sono stati fatti prigionieri dai realisti il 21 marzo a Norias del Baján o Acatita del Baján. Hidalgo è stato portato a Monclova, da lì è partito il 26 marzo attraverso Alamo e Mapimí e il 23 è entrato a Chihuahua. Quindi si è formato il processo e il 7 maggio è stata presa la prima dichiarazione. Il carattere ecclesiastico di Hidalgo fece ritardare il suo processo più di quello dei suoi compagni.
La sentenza di retrocessione è stata pronunciata il 27 luglio e il 29 luglio è stata eseguita al Royal Hospital dove è stato imprigionato Hidalgo. Il Consiglio di Guerra ha condannato il prigioniero ad essere messo alle armi, non in un luogo pubblico come i suoi compagni, e sparandogli al petto e non alla schiena, preservandogli così la testa. Hidalgo ascoltò la frase con calma e si preparò a morire.
Il suo ultimo giorno è stato così descritto: “Tornato nella sua prigione, gli hanno servito una colazione al cioccolato, e dopo averla presa, ha implorato che al posto dell'acqua fosse servito un bicchiere di latte, che ha concluso con una straordinaria dimostrazione di appetito e piacere. Un attimo dopo gli fu detto che era giunto il momento di andare alla tortura; Lo udì senza alterazioni, si alzò in piedi e dichiarò di essere pronto a partire. In effetti, uscì dall'orribile cubo in cui si trovava e, essendosi avanzato a quindici o venti passi da esso, si fermò un momento, perché l'ufficiale di guardia gli aveva chiesto se gli fosse stato offerto qualcosa da disporre per ultimo; A questo rispose di sì, che voleva che gli portassero dei dolci che aveva lasciato sui cuscini: li portarono infatti, e dopo averli distribuiti tra gli stessi soldati che dovevano accenderlo e marciavano dietro di lui, li incoraggiò e confortò con il suo perdono e le sue parole più dolci per fare il loro lavoro; E siccome sapeva benissimo che gli era stato ordinato di non sparare alla testa, e temeva che avrebbe sofferto molto, perché era ancora il crepuscolo e gli oggetti non si vedevano chiaramente, ha concluso dicendo: “La mano destra che metterò sul petto sarà , figli miei, il bersaglio sicuro verso cui dovete andare ”.
“La panca della tortura era stata collocata lì in un recinto interno della scuola di riferimento, a differenza di quanto fatto con gli altri eroi, che furono giustiziati nella piazza dietro l'edificio, e dove si trova oggi il monumento. che ci ricorda, e il nuovo centro commerciale che portava il suo nome; E quando l'Hidalgo seppe del luogo verso cui stava andando, marciò con passo fermo e sereno, e senza farsi bendare gli occhi, pregando con voce forte e fervente il salmo Miserere me; Arrivò al patibolo, lo baciò con rassegnazione e rispetto, e nonostante qualche alterco che non lo fece sedere con la schiena girata, si sedette di fronte, si mise una mano sul cuore, ricordò ai soldati che quello era il punto dove avrebbero dovuto sparargli, e un attimo dopo esplose la scarica di cinque fucili, uno dei quali trafisse efficacemente la mano destra senza ferire il cuore. L'eroe, quasi impassibile, sforzò la sua preghiera, e le loro voci furono messe a tacere quando altre cinque canne di fucile furono fatte esplodere di nuovo, i cui proiettili, passando il corpo, ruppero i legami che lo legavano alla panchina, e l'uomo cadde in un lago di sangue, non era ancora morto; sono stati necessari altri tre proiettili per porre fine a quella preziosa esistenza, che aveva rispettato la morte per più di 50 anni ".
La sua testa, insieme a quelle di Allende, Aldama e Jiménez, sono state collocate in gabbie di ferro agli angoli della Alhóndiga de Granaditas a Guanajuato. Il corpo fu sepolto nel terzo ordine di San Francisco de Chihuahua, e nel 1824 il tronco e la testa furono portati in Messico, per essere sepolti con grande solennità.
