Con solo tre o quattro mesi di pioggia all'anno, Colima è riuscita a soddisfare le condizioni necessarie alla vita umana grazie ai numerosi torrenti provenienti dalle parti superiori del Volcán de Fuego. Le prove dimostrano che l'uomo si stabilì in questa valle intorno al 1.500 a.C.
Le culture conosciute come Complejo Capacha erano società agricole e sedentarie che diedero origine alla famosa tradizione delle tombe a pozzo: camere mortuarie in cui venivano depositate ricche offerte e alle quali si accedeva attraverso un pozzo verticale e rotondo da 1,20 a 1,40 m di diametro. Nel centro ricreativo di Tampumachay, nella città di Los Ortices, ci sono tre tombe con il pozzo e le volte originali e all'interno una serie di vasi e strumenti di pietra offerti ai defunti.
Quando la religione ebbe maggior peso nell'organizzazione sociale, a partire dal 600 d.C., si iniziò a costruire spazi cerimoniali da piazze, cortili delimitati e piattaforme rettangolari di notevoli dimensioni. Gli insediamenti architettonicamente più complessi si svilupparono solo dopo il 900 d.C.
Il luogo che meglio rappresenta questa tappa è La Campana. Si tratta di un grande insediamento - la sua superficie cerimoniale superava i 50 ettari - con un susseguirsi di piattaforme rettangolari. In cima a queste piattaforme ci sono aree probabilmente legate allo stoccaggio del grano. Esistono anche complessi sistemi residenziali che senza dubbio avrebbero dovuto essere occupati da leader civili e religiosi.
Due aspetti risaltano in questo sito: l'ubicazione delle tombe a pozzo integrate negli spazi cerimoniali e l'esistenza di una complessa rete di drenaggi e condotte idriche.
Un altro importante sito archeologico di Colima è El Chanal, situato a circa 6 km a nord della città, che doveva avere un'estensione massima di 200 ettari. Poiché si estendeva su entrambe le rive del fiume Colima, è noto come El Chanal Este e El Chanal Oeste. Quest'ultimo, pur non essendo stato completamente indagato, mostra un'evidente complessità, poiché presenta cortili, piazze, strutture, canali e strade. El Chanal Este, d'altra parte, fu in gran parte distrutta perché la città moderna che porta il suo nome è stata fondata sulle sue rovine.
Le indagini mostrano che nel luogo sono presenti elementi indicativi del doppio tempio, il concetto di banco-altare e altari-piattaforme di piccole dimensioni, oltre a un gran numero di sculture, incisioni e rilievi in pietra; figure relative agli Xantiles; ceramiche policrome che formano contorni di aquile e serpenti piumati; e infine il metallo. Ma la cosa più notevole di questa cultura è la presenza del fenomeno urbano e l'esistenza del calendario.
