Per l'orgoglioso popolo di Tlaxcala, alleato e costruttore della città nelle conquiste castigliane, deve essere stato un motivo di grande distinzione che San Miguel, il principe delle milizie celesti, apparve nella loro città, lasciando come altre invocazioni la sua rispettiva pentola di acqua miracolosa.
Il più volte citato padre Francisco de Florencia S.J. Ha anche arricchito le cronache di Tlaxcala con la "Narrazione dell'apparizione miracolosa che l'Arcangelo San Miguel ha fatto a Diego Lázaro de San Francisco, un parrocchiano indiano della città di San Bernabé della giurisdizione di Santa María Nativitas, stato di Tlaxcala", scritta in questo collegio di San Pietro, 6 marzo 1690.
Correva l'anno 1631 quando Diego Lázaro de San Francisco, che stava andando in processione, gli apparve l'Arcangelo senza che gli altri se ne accorgessero, e gli ordinò di dire alla gente che in un vicino burrone avrebbe germoglia una sorgente di acqua miracolosa per curare le malattie. Poiché non si atteneva a quest'ordine per paura che non gli sarebbe stato dato credito, l'Arcangelo lo punì e si ammalò di cocolixtli. Essendo nell'estremo della morte gli apparve di nuovo, ma ora tutti videro una grande luce che riempiva la stanza, lasciandosi spaventato. Quando tornarono, lo trovarono sano e disse loro che l'Arcangelo lo aveva portato nel luogo dove con il suo bastone aveva fatto scorrere l'acqua miracolosa e gli aveva dato la salute. Immediatamente i demoni fuggirono a frotte, il leader di Tlaxcala.
Nel 1645 il vescovo di Puebla, Juan de Palafox y Mendoza, ordinò la costruzione del tempio e della cappella per il pozzo. Questa copre il cordolo e ha un rilievo che rappresenta il momento in cui l'Arcangelo fa sgorgare l'acqua davanti a Diego Lázaro. La facciata della chiesa è manierista, molto per i gusti di Palafox.
Porta la sua araldica e nel timpano ospita la scultura in alabastro di San Miguel. Il frontone aperto è coronato dallo stemma della Spagna, incorniciato dalla catena e dal vello.
