La cristianizzazione degli Yaquis fu ciò che permise ai religiosi di diffondersi nel 1609, penetrando nel territorio di Sonora.
Durante la Colonia, Sonora corrispondeva solo alle pendici della Sierra Madre Occidentale comprese nei limiti di quell'entità. La regione che correva a nord dal fiume Yaqui, compreso il Real de la Cieneguilla, era chiamata Pimería Baja e la regione più settentrionale da quel Real al fiume Colorado - già nell'attuale stato nordamericano dell'Arizona - era chiamata Pimería Alta.
L'attuale territorio di Sonora comprende anche una piccola regione a sud-ovest di quella che allora era conosciuta come Pimería, situata nello stato di Chihuahua e Ostimuri, località situata sulle coste del Golfo di California, tra i fiumi Mayo e Yaqui.
Nel 1614 i missionari Pérez de Rivas e Pedro Méndez cristianizzarono i Maya nella zona di Ostimuri, dividendo la missione in tre Distretti: Santa Cruz (alla foce del Mayo), Navojoa e Tesia.
I Tepahue furono incorporati insieme ai Cornicaris nel 1620. Padre Miguel Godínez fondò le missioni di San Andrés de Cornicari e Asunción de Tepahui . Nello stesso anno fu fondato il Rettorato di San Ignacio, che comprendeva, oltre alle cinque missioni precedentemente menzionate, quelle di Bacúm, Torín e Rahún, situate alla foce dello Yaqui.
Nel 1617 gli Yaquis furono convertiti dai genitori Pérez de Rivas e Tomás Basilio. Nonostante le rivolte, le rivolte, i tormenti e gli omicidi subiti, la conversione di Sonora è stata più rapida e consolidata. Nel XVII secolo i gesuiti si espansero e fondarono la missione di Maycoba e Yecora nella parte sud-occidentale di quello che conoscevano come Chínipas.
Le missioni dal fiume Yaqui a nord erano divise in quattro rettorie: San Borja raggruppava le missioni di: Cucumaripa e Tecoripa , fondata nel 1619; Movas e Onovas, nel 1622; Sahuaripa nel 1627; Matape nel 1629; Onapa nel 1677 e Arivechi , nel 1727. Il Rettorato dei Tre Santi Martiri del Giappone che comprendeva Batuco fondato nel 1627, Oposura nel 1640 e Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca e San Miguel Bavispe , fondata nel 1645. E il Rettorato di San Javier che ha integrato le missioni di Ures nel 1636; Aconchi, Opodepe e Banámichi nel 1639; Cucurpe e Arizpe nel 1648 e Cuaquiárachi nel 1655.
Nel 1687 il missionario Eusebio Francisco Kino entrò nella Pimería Alta e iniziò le missioni del Rettorato di Nuestra Señora de los Dolores, fondando: Caborca, a cui fu assegnato Francisco Javier Saeta che mantiene la corrispondenza con il suo sostegno spirituale, il padre Kino; Atil, Tubutama, Nostra Signora dei Dolori di Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera e Imuris.
Dopo l'espulsione dei gesuiti, le missioni furono lasciate ai francescani, che non costruirono più e si limitarono a cercare di preservare quelle esistenti. Una volta che i gesuiti avevano già stabilito insediamenti a Sinaloa e Sonora, hanno rivolto lo sguardo al territorio californiano.
